Facundo Affranchino nació el 9 de febrero en Paraná, Entre Ríos. Hizo su debut absoluto en Primera División en el Más Grande el 10 de noviembre de 2007 con tan solo 17 años de edad en la derrota de River ante Huracán por 2 a 1. Su posición fue la del clásico ocho, el volante por derecha que realizaba toda la banda. Con la llegada de Diego Simeone a la dirección técnica el mediocampista tuvo poca participación y si bien formó parte del plantel que ganó el Clausura 2008, no jugó ni un solo partido. Sin mucho rodaje permaneció en el Millonario hasta 2011 cuando se fue a préstamo a San Martín de San Juan.
Tras un breve paso por el Santo Sanjuanino volvió al Más Grande en 2012 pero tampoco sumó muchos minutos, apenas disputó siete encuentros y nuevamente se fue cedido a San Martín (SJ). Su carrera continuó en Belgrano y estuvo en la temporada 2013/14, en ese año regresó a Núñez pero no sumó ni siquiera un minuto y su destino estuvo en México, más precisamente en Lobos BUAP de Puebla, que en ese entonces militaba en la Segunda División del país azteca. Luego de disputar apenas 6 partidos en el conjunto mexicano regresó a Argentina donde en principio jugó en Unión –apenas 10encuentros- y luego encontró la regularidad que le faltó en su carrera en Ferro, club en el que estuvo entre 2016 y 2018 y en el cual tuvo 59 participaciones y anotó 4 goles.
La temporada 2018/19 lo encontró en Instituto de Córdoba, allí jugo 21 partidos y metió un gol, un año más tarde pasó a Villa Dálmine, club que militaba en la Primera Nacional, allí disputó solamente nueve encuentros. En 2020 vivió su segunda experiencia en el extranjero en Olmedo de Ecuador, pero por la pandemia no pudo jugar. En ese mismo año cerró su traspaso a Olimpo de Bahía Blanca que actualmente se encuentra en el Torneo Federal A, hasta el momento jugó cuatro encuentros con el aurinegro.
El balance de su paso por River
Lamentablemente las expectativas no fueron cumplidas, Facundo Affranchino surgió y fue contemporáneo de uno de los grandes volantes por derecha que tuvo River en los últimos años como es el caso de Augusto Fernández, luego compitió contra Carlos Sánchez y en 2014 no tuvo lugar en un equipo que estaba muy bien estructurado. En total vistió el Manto Sagrado en 39 oportunidades, convirtió 2 goles y formó parte del plantel que obtuvo el Clausura 2008.
