Jonathan Santana tuvo una prolongada carrera, la cual fue muy variada. Comenzó en el fútbol del ascenso en Argentina, se asentó en San Lorenzo, pasó por River donde tuvo un muy buen nivel, luego se fue al fútbol europeo, regresó a Argentina para vestir algunas camisetas más y alternó entre nuestro país y Paraguay donde representó a cinco clubes diferentes, además formó parte de la Selección guaraní en el Mundial de Sudáfrica 2010. Su último paso fue en el ascenso paraguayo, luego colgó los botines y se animó a modelar parauna tienda de ropa en el país hermano.

Santana fue compañero del Muñeco en 2005.

Santana fue un volante que podía jugar tanto por derecha como por izquierda, si bien debutó en San Telmo, su primer ciclo en San Lorenzo –en 2001 donde consiguió la Copa Mercosur- lo ubicó en los ojos del público en general. En 2002 pasó a Nueva Chicago, donde además de tener un gran rendimiento sufrió un difícil momento personal: “Yo salí de mi casa a concentrar para un Chicago contra Belgrano y se puso un auto a la par y empezaron a pegar tiros, dos pegaron en la rueda y otro dio en el auto, y me atraviesa el hombro y la garganta y paso muy cerca de la cara. Llegue al hospital con el 80 por ciento de los pulmones con sangre. Me cambio la manera de ver la vida, pero es como todo porque ya después uno entra en la vorágine del día a día y de tus preocupaciones y a veces te desenfocas”, le comentó Santana al medio digital La figura de la cancha.

Luego de recuperarse al 100% tanto en lo físico como en lo anímico y tras un buen paso por San Lorenzo, llegó a Núñez en el 2005. En River estuvo por dos años y su rendimiento fue muy bueno, pero la situación económica del club no era la ideal y el volante fue vendido al Wolfburgo de Alemania. Así recuerda Santana su paso por el Millonario: “En River fue mi explosión futbolística e hice nueve goles en un año. Me hubiera gustado disfrutar mucho más de lo que significa River porque me vendieron al año por necesidades del club”. En sus dos años en el club convirtió siete tantos.

En su paso por Núñez no obtuvo títulos.

Además de jugar en Alemania, también lo hizo en Turquía y luego de su paso por el fútbol europeo volvió a Sudamérica. Entre 2011 y 2012 jugó en Libertad, luego pasó a Independiente, tuvo un breve paso por Belgrano de Córdoba, regresó a Paraguay para representar a uno de los grandes del país vecino: Cerro Porteño. En 2016 estuvo en Sarmiento de Junin, pero no estuvo mucho tiempo y regresó a Paraguay para jugar en Nacional, Sportivo Luqueño y su último club fue Trinidense de la Segunda División.

El retiro y su etapa como modelo

Jonathan Santana dejó el fútbol tras su breve paso por Trinidense y junto a su esposa Romina Delgado fueron los modelos de una tienda de ropa ubicada en el Paseo La Galería de la capital paraguaya. La intención del ex futbolista del Más Grande es quedarse en Paraguay, país al cual siente como su casa, cabe destacar que Santana representó a dicho país a nivel selección ya que su abuela materna es oriunda de allí.