Debutó en River en mayo de 2005, cuando Leonardo Astrada lo mandó a la cancha en el estadio Monumental. Allí, un joven Gonzalo Higuaín hacía su presentación frente al público del Más Grande en lo que fue derrota ante Gimnasia (LP) por 2 a 1. Y si bien se marchó muy joven a Real Madrid (diciembre de 2006), siempre está latente la posibilidad de que el Pipa regrese a Núñez.

Justamente, este jueves en diálogo con 90 minutos de fútbol, el delantero de Chelsea fue contundente al momento de contestar sobre un hipitético retorno al Millonario: "Las puertas nunca se cierran. Estoy pensando en el presente, disfrutando. River me hizo crecer, hice todas las Inferiores, jugué en Primera. Yo estoy muy agradecido a River".

En River, Higuaín jugó 40 partidos oficiales y convirtió 15 goles. Su último partido fue ante Vélez, en el estadio José Amalfitani, el día 10 de diciembre de 2006. Allí, Gonzalo marcó el único tanto a favor de La Banda para sellar un empate 1-1 ante el Fortín.