El mediocampista central, quien llegó a jugar un amistoso en Primera, arregló su salida e intentará continuar en San Martín (San Juan).
Quedó a un paso de vestir el manto sagrado a nivel oficial, pero no se le presentó la posibilidad. Emiliano Agüero, que fue tenido en cuenta durante el último ciclo de Ramón Díaz, ocupó un lugar en el banco de suplentes en dos partidos oficiales (contra Estudiantes de La Plata y Atlético de Rafaela) del Torneo de Transición 2014 e incluso entró unos minutos durante un amistoso de verano en Salta, contra San Lorenzo.
El 29 de enero de 2014, Agüero entró por Cristian Ledesma en la caída 3-1 frente al Ciclón
Poco a poco, el mediocampista central perdió terreno y nunca más pudo recuperarlo, por eso llegó a un acuerdo para rescindir su contrato con River. Tras jugar dos años y medio a préstamo, debido a que durante el 2015 estuvo en Argentinos Juniors y desde 2016 fue parte de San Martín (San Juan), sabía que no tendría espacio en el plantel de Marcelo Gallardo. Entonces, arregló su salida del club de Núñez.
A los 22 años, es probable que Agüero continúe en el Verdinegro, debido a que tiene encaminado un nuevo vínculo. Con 26 partidos oficiales en Primera sumando tanto al Bicho de La Paternal como a la institución cuyana, quedó completamente desligado al Más Grande.
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